La historia de la Catedral Magistral de Alcalá de Henares hunde sus raíces en los comienzos del siglo IV -año 305-, cuando dos niños hispano-romanos, Justo y Pastor, fueron decapitados fuera de la ciudad de Complutum por orden de Daciano, pretor encargado de aplicar en España el edicto de persecución del emperador Diocleciano. En el siglo V el obispo toledano Asturio mandó edificar sobre el lugar de su sepultura, en el llamado “campo laudable”, un primitivo lugar de culto, un “martyrium”. En los siglos siguientes se sucedieron las edificaciones religiosas sobre el lugar que custodiaba la memoria y los restos de los Santos Niños Justo y Pastor.

La iglesia del arzobispo Jiménez de Rada y la Colegiata del arzobispo Carrillo de Acuña son los precedentes del nuevo templo mandado edificar por el cardenal Cisneros a finales del siglo XV. En 1515, según afirma el biógrafo de Cisneros fray Pedro Quintanilla, parecía estar acabada toda la fábrica de la Iglesia Magistral de Alcalá, con claustro, sacristía, capítulo, retablo, coro, sillas, vidrieras y rejas, aunque después de esta fecha continuasen otros trabajos.

En la actualidad, tras la restauración de la Diócesis de Alcalá en 1991, la Iglesia Magistral es también Catedral, siendo la única catedral gótica de la Comunidad de Madrid.