TEMPLO
Desde el siglo IV este lugar ha mantenido su carácter religioso, sucediéndose en el tiempo diversas edificaciones cristianas. Durante la dominación visigoda, entre los siglos V-VIII, hay conocimiento de la existencia de una pequeña capilla que albergaba los restos de los Santos Niños. Bajo la dominación árabe, entre los siglos VIII-XI, las reliquias de los Santos Niños son trasladadas por miedo a su profanación a un valle de Huesca y no regresarán a Alcalá hasta el siglo XVI. El culto, sin embargo, fue mantenido por los mozárabes durante la dominación musulmana, manteniéndose la memoria del lugar y la piedra del martirio.
En 1118 el Arzobispo de Toledo don Bernardo conquista definitivamente Alcalá, siéndole otorgada la villa y alfoz con carácter de donación real. En 1138 se menciona la “ecclesia sanctorum Yusti et Pastoris”. En el siglo XIII don Rodrigo Jiménez de Rada reedifica el templo de los Santos Niños, construyendo en su entorno las dependencias arzobispales, por lo que el templo es conocido como Capilla de los arzobispos de Toledo.
En el siglo XV el Arzobispo Carrillo decide la construcción de una Iglesia en este mismo lugar con dimensiones catedralicias, obra que será continuada por su sucesor el Cardenal Mendoza, perteneciente a una gran familia noble muy interesada por las nuevas corrientes renacentistas italianas. Se trata de una iglesia de organización medieval gótica posiblemente de ladrillo, con técnicas mudéjares, de la cual hoy no tenemos más que los documentos de pago a los alarifes por parte de los cardenales Carrillo y Mendoza.
Pero será con el Cardenal Cisneros con quien la ciudad de Alcalá conocerá su época de mayor esplendor. La fundación de la Universidad de Alcalá consolidará un segundo núcleo urbano situado al este de la Iglesia. La gran reforma que Cisneros acomete en la Iglesia de los Santos Niños se desarrolla en dos fases, de 1497 a 1500 y de 1501 a 1516, ambas dirigidas por los arquitectos Antón y Enrique Egas, acompañados por el alcalaíno Pedro Gumiel como maestro de obras. En estas obras se derriba, probablemente, la edificación anterior de la que se mantienen únicamente la capilla subterránea de los mártires y la capilla funeraria gótico-mudéjar del bachiller Pedro López o del “tránsito”.